Op 29 juli 1991 werd in de Europese Unie de nieuwe richtlijn 91/440/EEG aangenomen, waarin staat dat directe staatsexploitatie van spoorwegen werd verboden, er een scheiding moet zijn tussen de beheerder van de infra en de spoorwegmaatschappijen en dat nieuwe vervoerders treindiensten zouden moeten kunnen uitvoeren. In Nederland werd in 1992 de commissie-Wijffels aangesteld om te onderzoeken hoe dit in Nederland toegepast zou moeten worden. Er werd besloten om niet het hele spoorwegnet, zoals men in Engeland wel deed, te liberaliseren maar slechts de verliesleidende spoorlijnen aan te besteden. De niet-rendabele lijnen zouden vanuit de provincies worden aanbesteed en het bedrijf dat de goedkoopste dienst kon uitvoeren, won voor een aantal jaar de concessie. In samenspraak met de Nederlandse Spoorwegen kwamen ongeveer dertig nevenlijnen in aanmerking om te worden geprivatiseerd. De nieuwe vervoerder Oostnet reed op 24 mei 1998 de eerste trein op een van NS overgenomen baanvak. De private vervoerder nam de rijvaardige 180 en de 186 en het plukstel 164 over van NS om de dienst tussen Almelo en Mariënberg te rijden. Na de spoorlijn Almelo - Mariënberg werden meer onrendabele spoorlijnen aanbesteed. Vervoerder Syntus verzorgde vanaf mei 1999 de treindiensten tussen Doetinchem - Winterswijk en Winterswijk - Zutphen. Net als in Twente werd voor de treindienst dieselmaterieel van NS gebruikt. Totdat de nieuwe dieseltreinen van het type Lint 41/H van Syntus gereed waren huurde het bedrijf vier oude Plan U-treinstellen van NS. De nummers 113, 114, 115 en 125 werden vanaf 1999 door Syntus ingezet op de spoorlijn Arnhem - Winterswijk en Winterswijk - Zutphen. In 2001 werd de 125 gewisseld met de 112. Toen de nieuwe Linten gereed waren, leverde Syntus de gehuurde DE3'en in 2002 weer in.

In de jaren '90 bestelde NS 53 nieuwe tweedelige dieseltreinstellen van het type DM'90 om de oude Blauwe Engelen en de Plan U-treinstellen te vervangen. De nieuwe Buffels werden tussen 1996 en 1998 geleverd. In 1997 begon NS met het seriematig buitendienststellen van de DE3'en. Vanwege materieeltekort besloot NS het afvoeren van de Plan U's te stoppen en vijftien stellen zelfs grondig te reviseren. De treinstellen (waaronder de 121 en de 151) werden ontdaan van asbest, kregen geheel nieuwe dieselmotoren (gebouwd door Wartsila), de wisselstroomgenerator in de machinekamer werd vervangen door een Bredenoord-aggregaat in de bagageruimte, de treinen kregen een opvallende nieuwe koeling op het dak voor dit aggregaat en het interieur werd volledig vernieuwd. Tevens werden vijf treinstellen voorzien van het beveiligingssysteem ATB-NG. De revisies werden tussen 2000 en 2002 uitgevoerd. De treinstellen die ATB-NG ingebouwd kregen werden hernummerd naar de 191 t/m 195. De vijftien Plan U's werden ingezet op de volledig geëlektrificeerde trajecten Eindhoven - Weert en Zwolle - Groningen. De gereviseerde DE3'en nam NS eind 2003 al uit dienst. Hierdoor waren de treinen nog in een zeer goede staat toen ze aan de kant gingen. NS besloot de treinstellen te conserveren voor een eventuele verkoop.

De vervoerder Bratislavská regionálna koľajová spoločnost (BKRS) uit Slowakije had als eerste interesse in de oude Plan U's en besloot de stellen 116, 117, 125, 151, 191 en de 193 te kopen. De 125 en de 193 vertrokken op 11 mei 2007 als eerste naar Slowakije. De treinstellen werden ingesloten door twee koppelwagens en door de 1773 naar Bad Bentheim gebracht. In Slowakije werden de treinstellen, en de Nederlandse koppelwagens, in Bratislava geparkeerd. Nadat beide DE3'en waren aangekomen besloot BKRS toch niet voor de treinen te betalen. De treinen bleven in Bratislava staan en beide Plan U's en de koppelwagens werden uiteindelijk daar gesloopt. Na BKRS was het Roemeense Ferotrans geïnteresseerd in de Plan U's van NS. NS verkocht dezelfde stellen die aan BKRS waren verkocht en nog in Nederland waren gebleven. Ter vervanging van de 125 en de 193, die nog in Slowakije stonden, verkocht NS ook de 195 aan Ferotrans. De Stichting Historisch Dieselmaterieel kon hun rode DE3 113 ruilen met de 151 van NS. De 151 verkeerde namelijk in een veel betere staat dan de 113. Uiteindelijk bleek dat Ferotrans ook niet betaalde en NS liet de vijf Plan U's in 2019, samen met 37 1700'en en veertien DDM-rijtuigen slopen bij HKS Metals in Amsterdam.

Nadat Syntus de Plan U's 113 en 115 in 2002 inleverde bij NS, werden beide treinstellen terzijde gesteld. De Haarlem IJmuidense Spoorweg-Maatschappij (HIJSM) nam beide treinstellen over van NS. De HIJSM heeft als doel om met museumtreinen op de IJmuiderspoorlijn (Santpoort Noord - IJmuiden) te rijden. Daarnaast wil de stichting met haar materieel op het hoofdnet rijden. Om het beheer van het materieel en de reactivering van de IJmuiderspoorlijn gescheiden te houden, werd voor de spoorlijn de Werkgroep IJmuider Spoorlijn (WIJS) opgericht. Het beheer van het materieel bleef bij de HIJSM. De stichting had eerder het plan om de DE2 180 eerst in dienst te nemen, maar koos ervoor om eerst aan de Plan U's te werken. Deze treinstellen zouden minder werk vergen om weer in dienst te nemen. Als eerste werd de 113 in 2004 weer in haar oorspronkelijke rode kleur geschilderd. Het treinstel werd door heel Nederland ingezet voor museumritten. De Plan U 115 werd in 2006 als tweede weer in haar rode kleur geschilderd. In mei 2007 kon de HIJSM de 121 als derde Plan U aan haar collectie toevoegen. De 121 werd datzelfde jaar ook rood geschilderd.

In de nacht van 21 op 22 februari 2009 braken vandalen de deuren van de Plan U's en de DE2's van de HIJSM open. Alle ruiten werden ingeslagen, banken werden opengesneden, graffiti werd op de treinstellen gespoten, brandblussers werden leeggespoten en er werd zelfs geprobeerd brand te stichten. Dat laatste mislukte gelukkig. De schade werd voorzichtig geschat op enkele tonnen. In die nacht werd ruim acht jaar aan hard vrijwilligerswerk vernietigd. De HIJSM probeerde de schade te herstellen, maar dat was een onmogelijke taak. De HIJSM werd opgeheven; zij konden het financieel niet rondkrijgen. WIJS ging nog wel verder om de IJmuiderlijn weer in dienst te krijgen. Al het materieel van de HIJSM werd ondergebracht bij WIJS. In 2010 werd besloten om de IJmuiderlijn te slopen en een busbaan aan te leggen. Na dat besluit beëindigde WIJS ook haar activiteiten.

De Stichting Historisch Dieselmaterieel (SHD) nam in 2010 de Plan U's 113 en 121 en de koppelwagen 40 84 944 1 534-7 over van WIJS. Toen NS druk bezig was met haar Plan U-treinstellen te verkopen aan het buitenland kon de SHD in 2011 haar 113 ruilen tegen de 151 van NS. De 113 verkeerde in een veel slechtere staat dan de 151. De 151 heeft tussen 2000 en 2002 een uitgebreide revisie van NS gekregen en werd kort daarna aan de kant gezet. NS zou de rode 113 verkopen aan het Roemeense Ferotrans, maar dit ging later niet door. In 2019 is de 113 gesloopt.